ＰＥＴ/ＣＴが最も威力を発揮するのは、がんの存在が強く疑われるか、すでにがんと診断されている方の病気診断（がんの広がり具合）、ならびに再発診断の場合であり、これらの目的に優先的に使用されるべきです。
逆に、がんの可能性が低い場合（たとえばがん検診目的や、腫瘍マーカーの軽度上昇の原因検索など）には、まずＰＥＴ装置による撮影を行い、さらに詳細な検査が必要な場合に限って、引き続き部位を限定し、ＰＥＴ/ＣＴの撮影を追加します。
これはがんの可能性の低い方には、なるべく少ない放射線被爆で検査を済ませることを考慮した方針です。
